CSVを使用した受講者の一括招待時、「CSV ファイル内に未登録の部署が存在します」とメッセージが表示される。そのまま進んでも問題ないですか？

このメッセージはエラーメッセージではないため、［部署を新規追加して一括招待を行う］をクリックして先に進んでも問題ありません。表示されている部署に間違いがない場合や、一元管理の必要がない場合は、そのまま［部署を新規追加して一括招待を行う］をクリックして先へ進んでください。
これにより、「未登録の部署」として表示された部署も、部署一覧に追加され、受講者情報にも設定されます。

ただし、部署情報を正確に一元管理したい場合は、画面に表示される「未登録の部署情報一覧」をメモして、部署一覧から確認のうえ、部署の更新を行ってください。
「未登録」かどうかの判定は、CSVファイル内の部署情報に使用されている文字の種類や表記（かな、アルファベット、半角、全角、スペースなど）をすべて含めて行われます。そのため、「未登録」と判定された部署を部署一覧で確認することで、以下のような表記揺れによる同一部署の複数登録を予防できます。

【例】
・部署一覧で登録された部署名　 ：営業一課
・CSVファイルに入力された部署名：営業1課　
この場合、CSVファイル内の営業1課は「未登録の部署情報」と判定されます。

テスト・学習進捗の管理画面やCSV出力時に、部署情報での詳細な管理、分析を希望される場合は、上記の確認をお勧めします。